质粒DNA是一种环形DNA分子，存在于细菌等真核生物之外，是基因工程领域中的重要工具。它可以自主复制，且可携带多种外源性的DNA片段，因此在基因克隆、表达、转移等方面有着广泛的应用。
对于基因工程实验来说，获取目标基因序列后，需要将其进行定向克隆，这就需要借助质粒DNA。将目标基因序列与质粒DNA进行限制性内切酶切割、配对连接等操作，即可获得所需的重组质粒。再将重组质粒导入宿主细胞，便可完成基因表达、放大等过程。
此外，质粒DNA也被广泛应用于转基因实验中。通过将外源DNA片段融合至质粒DNA之中，便可将目标基因导入宿主细胞，使其表达出目标基因从而产生特定的作用。如利用质粒将Bt基因转化至玉米中，便可产生抗虫玉米，从而避免玉米螟等害虫侵袭，提高玉米产量。
